1957 ursprünglich als Theaterverlag in Hamburg gegründet, zog das erste Buch, Jean Genets Roman ›Notre-Dame-des-Fleurs‹, gleich eine Anklage wegen ›Verbreitung unzüchtiger Schriften‹ nach sich. Der bedeutende Literaturprozess endete 1962 mit einem Freispruch.

Seit 1980 residiert der Verlag in einem ausgebauten Bauernhof in Gifkendorf bei Lüneburg. Das Verlagsprogramm umfasst Literatur, Theaterwerke und Kunst namhafter internationaler und deutschsprachiger Autoren und Künstler, darunter Tahar Ben Jelloun, Jens Bjørneboe, Thomas Fritz, Jean Genet, Johannes Grützke, Janosch, Fouad Laroui, Marquis de Sade, Marie NDiaye, Joël Pommerat, Gerard Reve, Eugen Ruge und Unica Zürn.

Im Jahr 2011 wurde Merlins Autor Boualem Sansal mit dem Friedenspreis des Deutschen Buchhandels ausgezeichnet, 2019 Merlin-Gründer Andreas J. Meyer mit dem Kurt Wolff-Preis und 2020 Merlin mit dem Deutschen Verlagspreis.

Auch im 67. Jahr gilt das Merlin-Motto: ›Vielseitig, relevant und unabhängig!‹